在英国的约克郡，有一个被遗忘的秘密花园。这个花园曾经是玛丽·伦诺克斯的婶婶梅布尔的最爱，但一场突如其来的疾病夺走了她的生命，而花园也被锁了起来，从此无人问津。玛丽是一个孤独且不快乐的女孩，在父母去世后，她被送到英国的姑父克莱文先生家中生活。

初到庄园时，玛丽性格孤僻，对周围的一切都漠不关心。然而，一次偶然的机会，她在一位知更鸟的带领下发现了那扇通往秘密花园的小门。进入花园后，玛丽开始尝试照料那些几乎枯萎的植物，并逐渐找回了生活的乐趣和希望。

与此同时，玛丽还结识了庄园里的小男孩迪肯，一个善良乐观的孩子，他教会了玛丽如何与动物沟通并照顾它们。在迪肯的帮助下，玛丽不仅学会了种植花草，还重拾了对自然和生命的热爱。

一天，玛丽听到了花园外传来的哭泣声，原来是一位名叫科林的男孩，他是克莱文先生的儿子，因为长期卧病在床，性格变得暴躁且悲观。玛丽决定帮助科林走出阴影，她带着他来到秘密花园，让他感受到大自然的美好。在玛丽、迪肯以及秘密花园的共同影响下，科林的身体渐渐康复，性格也变得更加开朗。

最终，克莱文先生得知了这一切，他回到了庄园，看到了儿子的转变和花园的重生。这个秘密花园不仅治愈了科林，也让整个庄园重新焕发了生机。玛丽、科林和迪肯成为了最好的朋友，他们一起守护着这个充满奇迹的地方，开启了新的生活篇章。

《秘密花园》通过讲述这三个孩子在秘密花园中的成长历程，传递了关于爱、希望与自然的力量的主题，是一部充满温暖与感动的经典之作。